Inzwischen gibt es einige Hinweise, dass die TMS auch bei bestimmten Migräneformen wirkt. Als Ursache der  Aura-Migräne wird eine sich langsam ausbreitende Depolarisation der Hirnrinde vermutet, die fokal beginnt. Mit der TMS lässt sich die Ausbreitung der Depolarisation offenbar bremsen und stoppen. Die Behandlung der Migräne mit TMS ist eine erfolgversprechende Option und mögliche Alternative zu Medikamenten (Triptane). Da offenbar auch bei Migräne-Patienten ohne Aura ein Depolarisations-Mechanismus von Bedeutung ist, sollte die TMS auch bei solchen Patienten geprüft werden.

Aktuelle Studien zu TMS bei Migräne:

• rTMS of the prefrontal cortex in the treatment of chronic migraine: a pilot study
• Single-pulse transcranial magnetic stimulation for acute treatment of migraine with aura: a randomised, double-blind, parallel-group, sham-controlled trial
• Transcranial magnetic stimulation for migraine: a safety review